Со стажировки вернулся с новыми знаниями, опытом и впечатлениями

Девять месяцев аспирант ТюмГУ Сергей Дьячков стажировался в Мичиганском университете в Энн-Арборе (места в международных рейтингах THE — 20, QS — 21, ARWU — 27) под руководством профессора Института X-BIO ТюмГУ и научного сотрудника Университета Мичигана Павла Климова.

Сергей — математик-программист по образованию. Сейчас он нашел применение своим знаниям в новых направлениях — генетика и биоинформатика и продолжит свою работу в Институте X-BIO ТюмГУ. По возвращении из-за океана С. Дьячков делится первым опытом и впечатлениями от зарубежной командировки.

«В течение первых двух месяцев мы произвели экстракцию ДНК из привезенных мною экземпляров от коллеги по проекту из Санкт-Петербурга Филиппа Четверикова, подготовили ДНК библиотеку к полногеномному секвенированию, проверили отсутствие контаминации и ожидали результаты секвенирования.

Затем начался этап биоинформатической обработки данных, и все последующее время было потрачено на это. Для геномной сборки был использован суперкомпьютер коллег из Бразилии, расположенный в Федеральном Университете Минас-Жерайс (стоимостью 1 млн. долларов США). Сборка заняла около двух с половиной недель и потребовала 1,9 Тб оперативной памяти — это в 200 раз больше, чем у среднестатистического современного компьютера. Все последующее время было потрачено на анализ метагеномных сообществ, аннотацию, интерпретацию результатов.

В результате получен список бактерий. Бактерии, представляющие интерес, определены до уровня штамма, и для них произведен анализ генов.

Большую часть времени я проводил на работе, работал 7 дней в неделю, поэтому какие-то развлечения приходилось придумывать себе здесь же. Однажды в обеденный перерыв мы с коллегами попробовали сделать 3D-модель собачьего клеща на специальном томографе, предназначенном для изучения внутреннего устройства живых организмов (https://lsa.umich.edu/rmc/resources/ct-scanner.html). Результат был довольно неплохой, аппарат позволяет получить изображение с точностью до 5 микрометров (0.0005 см).

Приятные впечатления оставил Энн-Арбор. Численность его населения чуть больше 100 тыс. человек, из которых более половины аффилированы с университетом. Здание, в котором мы работали, располагается на юге города, в районе офисных зданий. Довольно тихий район, окруженный типичными «спальными» американскими массивами: одно-двухэтажными домами и кондоминимумами. Иногда приходилось ездить в лабораторию или по делам в центральный кампус университета, он же — центр города. Здесь довольно интересно сочетаются архитектурные стили, много «зеленых уголков» и, как следствие, различной живности: белок, кроликов, скунсов и оленей.

В главном корпусе факультета биологии в центре Энн-Арбора на первых двух этажах работает бесплатный музей естественной истории, на официальной церемонии открытия которого мне даже удалось присутствовать. В нем представлены экспонаты, описывающие весь процесс возникновения жизни на земле.

Таким образом, стипендия Президента Р Ф для обучения за рубежом позволила мне получить новые знания и компетенции в области биоинформатики, опыт работы в зарубежном вузе, войти в мощную исследовательскую группу Института X-Bio, в которой мы уже начали работы по новому проекту иксодового клеща".

Источник:

Управление стратегических коммуникаций ТюмГУ