Отдел создан в 2001 году для исследований в области инженерной экологии и внедрения разработок института в экологическую практику нефтедобывающих предприятий. 

Основные направления деятельности
  1. Переработка буровых отходов с получением строительного материала.
  2. Производство систем водоочистки.
  3. Локализация аварийных разливов нефти на поверхности почвы и рекультивация нефтезагрязненных земель.
  4. Создание систем очистки естественных и искусственных водотоков от пленочных, эмульгированных и растворенных нефтепродуктов.
  5. Обустройство полигонов для хранения ТБО и промышленных отходов.
  6. Ликвидация (рекультивация) старых полигонов ТБО и несанкционированных свалок.
  7. Изучение структуры твердых бытовых отходов предприятия: фракционирование ТБО, мониторинг формирования количественного и качественного состава отходов.