Материалы археологических коллекций, представленных в музее, охватывают территорию Западной Сибири и отражают историю человечества начиная с эпохи каменного века и заканчивая эпохой средневековья, включая коллекции городской археологии по г. Тюмени и г. Тобольску.
  В фондах музея хранятся материалы более 400 археологических памятников, из них 72 - изучено раскопками и более 300 - археологическими разведками. Они представляют различные типы археологических памятников ( стоянка, поселение, могильник, святилище) в широких хронологических рамках и отражающие различные стороны жизни древнего населения. Ряд памятников изучался археологами на протяжении нескольких лет.  Полевые археологические исследования проводились преподавателями, сотрудниками и студентами ТюмГУ с 1978 г. по 2012 год на территории: Казанского, Сладковского, Упоровского, Исетского, Абатского, Бердюжского, Омутинского, Армизонского, Ишимского, Ялуторовского и Тюменского районов. Все коллекция находятся в доступности для изучения и написания учебных и научных работ.