Формирование этнографической коллекции музея было начато в 1986 г. и происходило в процессе археографических, а позднее историко-этнографических экспедиций студентов и преподавателей исторического факультета ТюмГУ. Руководителем первой экспедиции был назначен С. В. Туров. В этом же году была достигнута договоренность с руководителем Уральского археографического центра УрГУ под руководством Р. Г. Пихоя об оказании методической помощи и выдаче специального разрешения на собирание старинных документальных памятников. Первая экспедиция этого года проходила совместно с одним из отрядов Уральской археографической экспедиции (УрГУ) под руководством В. И. Байдина. Этнографические и археографические исследования проводились на территории Шадринского и Исетского районов. Вторая экспедиция  этого же года осуществлялась совместно с облсоветом ВООПИК (Всесоюзного общества охраны памятников истории культуры) на территории Викуловского района. За время работы экспедиций было записано «до 200 страниц текста изустных сообщений, 30 минут магнитофонного времени, получено более 100 единиц вещевого материала (предметы быта, книги, рукописи, предметы религиозного культа), отснято около 400 кадров фотопленки (предметы труда и быта, портреты информаторов, образцы народного прикладного искусства, предметы религиозного культа, памятники боевой и трудовой славы, жилые и надворные постройки)». Две книги начала XX в., псалтирь и сборник канонов, были получены в дар от археографической лаборатории УрГУ.

  Результаты первых экспедиций натолкнули организаторов практики на идею создания научно-студенческой этнографической лаборатории. В 1987 году уже обсуждалось Положение о «Лаборатории истории культуры Сибири». Заведующим ее был назначен старший преподаватель к.и.н. Н.С. Половинкин. В апреле 1990 года лаборатория получила статус факультетской научно-учебной. Ее основной задачей являлось изучение «общетеоретических и конкретно-исторических проблем истории общественного сознания и культуры русского населения Западной Сибири».

  В процессе полевых этнографических исследований по югу Тюменской области сформировался и коллектив лаборатории. Помимо Н.С. Половинкина и С.В. Турова, выступавших в роли ее научных руководителей, в деятельности лаборатории активное участие принимали студенты Историко-юридического факультета. Одними из постоянных участников были В.Темплинг и В.Кехтер, Г.Мавлютова, Е.Федорова.  Именно они в дальнейшем занимались вопросами организации учебного этнографического музея, открытие которого состоялось 15 января 1993 года в здании университетского общежития. Руководителем музея на общественных началах стал Владимир Яковлевич Темплинг, являющийся в это время заведующим лабораторией истории культуры Сибири. Первая экспозиция музея называлась «Русская церковная старина конца XVIII – начала XX вв.». К этому времени в музее была собрана значительная коллекция икон, книг и рукописей, в том числе и старообрядческих, коллекция прялок, гончарные и тканые изделия, предметы труда и хозяйственного быта русского населения юга Тюменской области.

  Благодаря этнографическим экспедициям в музее к этому времени сформировался и значительный фонд информационных данных, сосредоточенных на страницах полевой документации:  дневников, описей, маршрутных тетрадей, отчетов о практике. В них содержится  информация о различных сторонах народной культуры и духовной жизни русского населения юга области: представления о природе, обряды, праздники, народный календарь, народная медицина, заговоры на разные случаи жизни, экологические представления, религиозные верования, а также информация, касающаяся истории тех населенных пунктов, где проходил маршрут этнографических экспедиций. Значительный интерес представляют материалы, касающиеся традиционной жизни старообрядчества. Часть собранной информации нашла отражение в публикациях сборника научных и документальных материалов «Религия и церковь в Сибири», выпускаемого сотрудниками лаборатории с 1990 года.