Международная олимпиада Ассоциации
«Глобальные университеты»

Если вы хотите получить качественное высшее образование в России, Олимпиада — ваш ключ к раннему поступлению и бесплатному обучению в ведущем университете России.

Бурлаков Евгений Викторович, PhD (Норвежский университет наук о жизни)

Направление 1 международной карты науки, соответствующее области исследования научного руководителя: 

Математическая и вычислительная биология

Владение английским языком: С1-С2

Научные специальности программ аспирантуры, на которую будет приниматься аспирант:

• 1.5.8. Математическая биология и биоинформатика;

• 1.2.2 Математическое моделирование, численные методы и комплексы программ.

• Математическое моделирование волновой электрической активности коры головного мозга;
• Исследование задач управления эволюционными системами.

Перечень предлагаемых тем для исследовательской работы:

• Теория краевых задач в исследовании периодических бегущих волн электрических потенциалов коры мозга
• Задачи импульсного управления и их приложения к организации экономически значимых биосистем
• Использование «тау»-вольтерровых операторов приближенного восстановления динамики живых систем,описываемых функционально-дифференциальными уравнениями
• Модифицированный метод Галёркина для построения решений популяционных
• моделей, испытывающих импульсные воздействия
• Применения накрывающих отображений в изучении равновесных состояний живых систем, описываемых дифференциальными моделями
• Построение оптимальных схем «пастбищеоборота» в системах зимних пастбищ на территории ЯНАО с использованием популяционных моделей и математической теории управления.
• Восстановление вызванной динамики электрических потенциалов в первичной зрительной зрительной коре мозга с использованием двухслойных моделей нейронного поля

Научные интересы

Теория функционально-дифференциальных уравнений и включений, задачи управления математическая теория эволюционных систем, импульсные дифференциальные системы, неявные дифференциальные системы, использование нелинейного и многозначного анализа в задачах корректности математических моделей, применения вышеперечисленного (в совокупности с приближенными методами решения дифференциальных систем) к исследованию живых систем.

Отличительные особенности программы:

Сотрудничество с ведущими академическими институтами в РФ, а также с зарубежными исследовательскими коллективами (Норвегия, Дания, Канада), работа с экспериментальными данными, полученными на уникальном оборудовании (например, единственном в РФ 302-канальном магнитоэнцефалографе).

Требования научного руководителя:

• Уровень владения программированием (например, в Python, MatLAB), позволяющий решать системы нелинейных дифференциальных уравнений с наперед заданной точностью;
• Базовые знания теории динамических систем;
• Базовые знания теории систем/системной биологии.

Публикации:

Общее количество публикаций в журналах, индексируемых Web of Science, Scopus, RSCI за последние 5 лет - 22, 

• I. Malkov, E. Burlakov, V. Verkhlyutov, V. Ushakov, On Reconstruction of Cortical Traveling Wave Parameters from MEG Data Using Neural Field Equations with Directionally Variable Excitation and Inhibition Parameters, Studies in Computational Intelligence, 1241: 646–655, 2026, https://doi.org/10.1007/978-3-032-07690-8_51

• E. Burlakov, A. Oleynik, A. Ponosov, Travelling Waves in Neural Fields with Continuous and Discontinuous Neuronal Activation, Mathematics, 13 (5): 701, 2025,https://doi.org/10.3390/math13050701

• E. Zhukovskiy, E. Burlakov, I. Malkov, Caristi-Type Conditions in Constraint Minimisation of Mappings in Metric and Partially Ordered Spaces, Set-Valued and Variational Analysis, 31: 35,2023, https://doi.org/10.1007/s11228-023-00697-w

• H. Bergland, E. Burlakov, J. Wyller, The Dynamics of Pasture– Herbivores–Carnivores with Sigmoidal Density Dependent Harvesting. Bulletin of Mathematical Biology, 85: 104, 2023, https://doi.org/10.1007/s11538-023-01210-y

• E. Burlakov, E. Panasenko, I. Serova, E. Zhukovskiy, On order covering set-valued mappings and their applications to the investigation of implicit differential inclusions and dynamic models of economic processes, Advances in Systems Science and Applications, 22(1), 176-191, 2022,https://doi.org/10.25728/assa.2022.22.1.1225

Результаты интеллектуальной деятельности: 

Патент №2024611018, Software module for mathematical modeling of the spread of phytopathogens of agricultural crops in greenhouses, Patent Rospatent: Federal Service for Intellectual Property(Russian Federation), 2024

Васильченко Алексей Сергеевич, к.б.н (Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт экологии и генетики микроорганизмов Уральского отделения Российской академии наук (ИЭГМ УрО РАН)

Направление 1 международной карты науки, соответствующее области исследования  научного руководителя:

Биотехнология и прикладная микробиология;

Направление 2 международной карты науки, соответствующее области исследования  научного руководителя:

Микробиология;

Уровень владения английским языком: B2

Научные специальности программ аспирантуры:

1.5.11. Микробиология 

Перечень исследовательских проектов научного руководителя:

1. РФФИ мол_нр_рф 13-04-9827 «Характеристика новых антимикробных катионных пептидов энтерококков и их биологическое действие на симбиотические микроорганизмы» (2013 г.)

2. НИР Госзадание Министерства науки и высшего образования РФ на 2020–2023 (no. FEWZ-2020-0006).

Перечень предлагаемых тем для исследовательской работы:

1.      Экологический дуализм микробных антибиотиков: молекулярные механизмы регуляции ризосферного микробиома и иммунитета растений.

2.      Циклические липопептиды Bacillus как элиситоры системной устойчивости растений: от транскрипционного ответа к урожайности.

3.      Сравнительный анализ влияния микробных метаболитов на структурно-функциональное состояние почвенных и ризосферных сообществ.

4.      Разработка подходов к направленному формированию ризобиома картофеля с использованием антибиотиков PGP-микроорганизмов.

5.      Конструирование микробных синтетических консорциумов для растениеводства

6.      Антибиотикорезистентность: разнообразие природных и искусственных резистомов и экологическая значимость феномена

7. Система Quorum Sensing как мишень для управления микробными сообществами агроценозов в целях повышения продуктивности растений.

Научные интересы

Научные интересы сосредоточены на изучении молекулярных механизмов взаимодействия в системе «растение-ризосфера-микроб», с целью разработки стратегий направленного управления агроценозами. Ключевые аспекты: роль вторичных метаболитов (антибиотиков, элиситоров) в регуляции микробных сообществ и индукции системного иммунитета растений, конструирование синтетических микробных консорциумов и преодоление экологических рисков, связанных с антибиотикорезистентностью.

Особенности программы исследования:

Междисциплинарный подход: Исследование интегрирует методы микробиологии, молекулярной биологии растений, почвенной энзимологии и биоинформатики.

Многоуровневая система экспериментов: Работа проводится на трех взаимосвязанных уровнях: in vitro (чистые культуры микроорганизмов), in planta (лабораторные микрокосмы), in situ (полевые эксперименты).

Акцент на молекулярные механизмы: Программа нацелена не только на описание эффектов, но и на расшифровку лежащих в их основе молекулярных процессов (транскрипционный анализ, ПЦР-диагностика).

Отличительные особенности программы

• Уникальное оборудование: Для проведения исследований используется современная приборная база, включающая секвенаторы третьего поколения (PacBio) для анализа микробиома, амплификаторы для ПЦР в реальном времени для оценки экспрессии генов, газовые хроматографы с детекторами для анализа почвенного дыхания и система капиллярного электрофореза для оценки ферментативной активности.

• Международное сотрудничество: Лаборатория активно сотрудничает с ведущими исследовательскими центрами в области почвенной микробиологии и агробиотехнологии.

• Финансовая поддержка: --

• Публикационная активность: Результаты исследований публикуются в рецензируемых журналах, индексируемых в Scopus и Web of Science (Q1-Q2). Аспирант является соавтором публикаций.

Требования  научного руководителя

• Обязательный бэкграунд: Высшее образование в области биологии, биотехнологии, агрономии или почвоведения.

• Освоенные дисциплины: Обязательно знание основ микробиологии, биохимии, физиологии растений, молекулярной биологии и генетики.

• Владение методами:

• Базовые: ПЦР, ПЦР в реальном времени (qPCR), выделение ДНК/РНК, постановка микробиологических экспериментов, основы биохимических методов (спектрофотометрия).

• Желательные (будет преимуществом): Работа с почвенными микрокосмами, основы секвенирования и биоинформатического анализа микробиома, статистический анализ данных (работа в R).

• Навыки работы с ПО: опыт работы со статистическими пакетами (R, Statistica) и/или программами для биоинформатического анализа будет серьезным преимуществом.

• Личные качества: Нацеленность на результат, аналитическое мышление, способность к самостоятельной работе и внимательность к деталям.

Сведения о публикациях научного руководителя:

 35 публикаций (WoS)

Избранные публикации:

1)Vasilchenko A.S., Lukyanov D.A., Dilbaryan D.S., Usachev K.S., Poshvina D.V., Taldaev A., Nikandrova A.A., Imamutdinova A.N., Garaeva N.S., Bikmullin A.G., Klochkova E.A., Rusanov A.L., Romashin D.D., Luzgina N.G., Osterman I.A., Sergiev P.V., Teslya A.V. Macrolactin A Is an Inhibitor of Protein Biosynthesis in Bacteria // Biochimie, 2025, https://doi.org/10.1016/j.biochi.2025.01.003.

2) Vasilchenko AV, Poshvina DV, Semenov MV, Timofeev VN, Iashnikov AV, Stepanov AA, Pervushina AN, Vasilchenko AS. Triazoles and Strobilurin Mixture Affects Soil Microbial Community and Incidences of Wheat Diseases // Plants. 2023; 12(3):660. https://doi.org/10.3390/plants12030660.

3) 82. Poshvina, D. V., Balkin, A. S., Dilbaryan, D. S., Vasilchenko, A. S. Unravelling the response of the soil microbiome to macrolactin A: A metagenomic study // Chemosphere, 2025, 387, 144645. https://doi.org/10.1016/j.chemosphere.2025.144645

4) Teslya, A.V.; Gurina, E.V.; Poshvina, D.V.; Stepanov, A.A.; Iashnikov, A.V.; Vasilchenko, A.S. Fungal secondary metabolite gliotoxin enhances enzymatic activity in soils by reshaping their microbiome // Rhizosphere, 2024, Volume 32, 100960. https://doi.org/10.1016/j.rhisph.2024.100960.

5) Vasilchenko A.S., Dilbaryan D.S., Poshvina D.V. et al. Bacillus-derived cyclic lipopeptides modulate microbiome structure and enzymatic activity of soil and increase productivity of potato (Solanum tuberosum L.) // Rhizosphere, 2025, Volume 33, 101033, https://doi.org/10.1016/j.rhisph.2025.101033

Результаты интеллектуальной деятельности: 

1. Патент № 2645070 C2 Российская Федерация, МПК A61K 38/02, A61K 35/14, C12P 21/00. Способ получения антимикробных пептидов из тромбоцитов курицы домашней : заявл. 06.06.2016 : опубл. 15.02.2018 / М. В. Сычева, О. Л. Карташова, Е. А. Рогожин [и др.] ; заявитель Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт клеточного и внутриклеточного симбиоза Уральского отделения Российской академии наук, Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Оренбургский государственный аграрный университет". – EDN WEXUYP.

2.Патент № 2704421 C1 Российская Федерация, МПК C12N 1/14, A61P 3/00, C12R 1/645. Штамм Emericellopsis alkalina Bilanenko & Georgieva - продуцент антибиотиков - пептаиболов с антигрибной и антибактериальной активностью : № 2019113489 : заявл. 06.05.2019 : опубл. 28.10.2019 / В. С. Садыкова, Е. А. Рогожин, А. А. Баранова [и др.] ; заявитель Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Научно-исследовательский институт по изысканию новых антибиотиков имени Г.Ф. Гаузе". – EDN MIDVPD.

Биология;

Направление 2 международной карты науки, соответствующее области исследования  научного руководителя:

Микробиология;

Направление 2 международной карты науки, соответствующее области исследования  научного руководителя:

Экология;

Владение английским языком: B2

Научные специальности программ аспирантуры, на которую будет приниматься аспирант:

Перечень исследовательских проектов научного руководителя:

Грант в форме субсидии на проведение крупных научных проектов по приоритетным направлениям НТР «Эмерджентные биологические угрозы для сельского хозяйства России и стран СНГ», исполнитель

РНФ 21-74-00043 «Разнообразие и филогения центрохелидных солнечников из экстремальных местообитаний», руководитель

Перечень предлагаемых тем для исследовательской работы:

• Симбиотические взаимодействия в системе протист-бактерия

• Биохимические механизмы

• Таксономия, морфология и филогения центрохелидных солнечников из водных биотопов

• Таксономия, морфология и филогения центрохелидных солнечников из почвенных биотопов

• Таксономическое и функциональное разнообразие микробиальных эукариот в олиготрофных водоемах

• Таксономическое и функциональное разнообразие микробиальных эукариот в гипергалинных водоемах

•  Молекулярные механизмы симбиотических взаимоотношений протистов и бактерий

Научные интересы:

В настоящее время областью научных интересов руководителя являются исследования в области изучения морфологии, ультраструктуры, биологического разнообразия, полиморфизма и филогении центрохелидных солнечников, а также изучение таксономии и функционального разнообразия микробиальных эукариот в уникальных экосистемах – олиготрофных и гипергалинных водоемах.

Отличительные особенности данной программы:

Сотрудничество с ведущими академическими институтами в РФ

Требования научного руководителя:

• Высшее образование в области биологии, микробиологии, генетики, молекулярной биологии, биоинформатики.
• Навыки работы в молекулярно-биологической и/или микробиологической лаборатории (навыки подготовки и стерилизации питательных сред, знание методов септики и асептики, понятий о перекрестной контаминации);
• Навыки работы со световыми микроскопами. 

Общее количество, индексируемых в WOS и Scopus – 12.
    1. Gerasimova, E. A., Mindolina, Y. V., Tikhonenkov, D. V., Kataev, V. Y., Balkin, A. S., Mikhailov, K. V., Zagumyonnyi D. G., Plotnikov A. O., Zlatogursky V. V. (2023). Unexpected ubiquity of heart-shaped scale morphotype in Centroplasthelida (Haptista): Ancestral trait or multiple acquisitions? Journal of Eukaryotic Microbiology, 2023, 10.1111/jeu.12992

2. Gerasimova, E. A., Balkin, A. S., Filonchikova, E. S., Mindolina, Y. V., Zagumyonnyi, D. G., & Tikhonenkov, D. V. (2023). Taxonomic Structure of Planktonic Protist Communities in Saline and Hypersaline Continental Waters Revealed by Metabarcoding. Water, 15(11), 2008, https://doi.org/10.3390/w15112008.

3. Gerasimova, E. A., Balkin, A. S., Kataev, V. Y., Filonchikova, E. S., Mindolina, Y. V., Tikhonenkov, D. V. (2025). Taxonomic and functional diversity of protists in saline and hypersaline lakes in southern Western Siberia, a region strongly affected by climate change. Water Biology and Security, 4(1), 100316.

4. Gerasimova, E. A., Zagumyonnyi, D. G., Balkin, A. S., Kataev11, V. Y., Nasyrova, M. A., Makarenko, E. Е., Tikhonenkov, D. V. (2025). Where elves get their ears: diversity, evolution and life cycle of Quendis gen. nov., formerly “Pterocystidae A” (Haptista: Centroplasthelida)–centrohelids with leaf-shaped scales. Protistology, 19(3), 163-184.

5. Zagumyonnaya, O. N., Zagumyonnyi, D. G., Gerasimova, E. A., Tikhonenkov, D. V. (2025). A protozoan perspective on climate change and biosafety threats: differences in testate amoebae in lakes in forest–swamp and forest–steppe zones in Western Siberia. Applied and Environmental Microbiology, e00330-25.

Микробиология;

1.5.11. Микробиология

Перечень исследовательских проектов научного руководителя: 

• Грант РНФ, «Изучение механизмов формирования резистентности грамположительных бактерий к пептидным антибактериальным препаратам» 2021г-2023г. (руководитель).
• Грант РНФ «Биотехнологический потенциал макролактина антимикробного метаболита Bacillus velezensis для защиты растений от фитопатогенных бактерий» 2023-2025г. (руководитель).
• НИР ГЗ "Биологические средства защиты растений на основе антимикробных веществ растительного и микробного происхождения",2020-2023 (исполнитель)
• ФНТП Развитие генетических технологий на 2019 - 2027 годы "Микробиомы агроценозов: масштабный скрининг, мониторинг и методы управления" 2021-2023 (исполнитель).

• Грант в форме субсидии на проведение крупных научных проектов по приоритетным направлениям

• НТР 2024-2026 «Эмерджентные биологические угрозы для сельского хозяйства России и стран СНГ» (ключевой исполнитель)

• Грант РНФ №24-74-10031 «Центрохелидные солнечники: симбиозы и симбионты» 2024-2026 (основной исполнитель).

• НИР ГЗ «Формирование микробно-растительные симбиозов и изучение молекулярных механизмов их функционирования с целью создания биорациональных средств защиты растений» 2024-2026г (исполнитель).

• Распространение и разнообразие генов устойчивости к антибиотикам вобъектах окружающей среды.

• Влияние антропогенного загрязнения на интенсивность межмикробных взаимодействий и их роль в распространении генов.

• Молекулярные механизмы горизонтального переноса генов устойчивости к антибиотикам в различных экологических нишах.

• Роль очистных сооружений сточных вод в обогащении ираспространении генов антибиотикорезистентности.

• Определение видового разнообразия и геномная характеристика штаммов бактерий с множественной лекарственной устойчивостью,выделенных из объектов окружающей среды, с акцентом на ESKAPE-патогены.

• Роль биопленок и микробных агрегатов в очистных сооружениях как "горячих антибиотикорезистентности и их высвобождения в окружающую среду.

• Мониторинг и прогнозирование распространения новых генов антибиотикорезистентности в окружающей среде с использованием метагеномных подходов для оценки риска для здоровья человека и животных.

Научные интересы:

Структура микробиомов объектов окружающей среды (почва, вода), антибиотикорезистентность на молекулярно-генетическом уровне, механизмы формирования устойчивости бактерий, в том числе к новым антибиотикам, трансмиссия генетических детерминант в окружающей среде, молекулярная характеристика бактерий с множественной лекарственной устойчивостью, а также влияние антимикробных соединений на микробиомы и резистомы окружающей среды.

Особенности программы исследования:

Работа характеризуется междисциплинарным подходом, который выражается в интеграции методов микробиологических исследований, молекулярной биологии и генетики, биоинформатики.

Программа является комплексной и междисциплинарной, объединяя экологию, микробиологию, молекулярную биологию и геномику для глубокого понимания феномена антибиотикорезистентности в окружающей среде и его влияния на здоровье человека.

Отличительные особенности программы:

• Уникальное оборудование: Реализация исследовательских проектов осуществляется на базе актуальной приборной инфраструктуры, предусматривающей применение высокопроизводительных секвенаторов для анализа микробиомов и резистомов, а также оборудование необходимое для подготовки нуклеиновых кислот к последующему секвенированию (амплификаторы Eppendorf, Германия), система гель-документации ChemiDoc MP (Bio-Rad, США), система капиллярного электрофореза TapeStation 4150 (Agilent Technologies, США), спектрофотометр NanoPhotometer N120 (Implen, Германия) и флуориметр Qubit 4.0 (Thermo Fisher Scientific, США)).
• Международное сотрудничество: ---
• Финансовая поддержка: --
• Публикационная активность: Результаты исследований публикуются в рецензируемых журналах, индексируемых Scopus и Web of Science (Q1-Q2).

Требования потенциального научного руководителя:

• Высшее образование в области биологии, биотехнологии или микробиологии.
• Освоенные дисциплины: знание основ микробиологии, биохимии, молекулярной биологии и генетики.
• Владение методами:
  • Базовые: навыки работы в молекулярно-генетической лаборатории (выделение нуклеиновых кислот из различных объектов окружающей среды, постановка ПЦР), навыки работы в микробиологической лаборатории (выделение чистых культур микроорганизмов, определение фенотипических свойств), основы биохимических методов (спектрофотометрия).
  • Желательные (будет преимуществом): Навыки пробоподготовки нуклеиновых кислот к секвенированию и биоинформатического анализа метагеномных данных, статистический анализ данных (работа в R).
• Навыки работы с ПО: опыт работы со статистическими пакетами (R, Statistica) и/или программами для биоинформатического анализа будет серьезным преимуществом.
• Личные качества: Нацеленность на результат, аналитическое мышление, способность к самостоятельной работе и внимательность к деталям.

Публикации:

19 публикаций, индексируемых Web of Science, Scopus, RSCI за последние 5 лет

• Poshvina D.V., Dilbaryan D.S., Kasyanov S.P., Sadykova V.S.,Lapchinskaya O.A., Rogozhin E.A., Vasilchenko A.S. Staphylococcus aureus is able to generate resistance to novel lipoglycopeptide antibiotic gausemycin A. Front.Microbiol. 2022 13:963979. doi:10.3389/fmicb.2022.963979

• Poshvina D.V., Dilbaryan D.S., Vasilchenko A.S. Gausemycin A-Resistant Staphylococcus aureus Demonstrates Affected Cell Membrane and Cell Wall Homeostasis. Microorganisms. 2023 May 18;11(5):1330.doi: 10.3390/microorganisms11051330.

• Vasilchenko A.S., Burlakov E.O., Poshvina D. V. et al. The effect oflong-term application of nitrogen-rich fertilizers on soil resistome: Astudy of conventional and organic cropping systems. Soil Ecol. Lett.,2024, 6(3): 230215

• Poshvina D.V., Balkin A.S., Dilbaryan D.S., Vasilchenko A.S.Unravelling the response of the soil microbiome to macrolactin A: A metagenomic study.Chemosphere, V. 387, 2025,144645,https://doi.org/10.1016/j.chemosphere.2025.144645